تجمع «موسوعة الأعمال الكاملة للإمام محمد الخضر حسين» ما وصل إليه البحث والتحقيق من كتب الإمام محمد الخضر حسين ورسائله وبحوثه ومقالاته ومحاضراته وآثاره الأدبيَّة، وقد جمعها وضبطها ابن أخيه علي الرضا الحسيني. وتتوزَّع موضوعاتها بين تفسير القرآن الكريم وعلومه، والسِّيرة النَّبويَّة، والشَّريعة والفكر الإسلامي، والإصلاح والدَّعوة، واللغة العربيَّة وآدابها، والنَّقد والمناظرات، والتراجم والرِّحلات والشِّعر، إلى جانب آثار تتصل بالأزهر وتونس والحركة العلميَّة والفكريَّة في عصره. وقد نصَّ تقديم الموسوعة على أنَّها تضم الأعمال التي وصل إليها التحقيق والبحث عند إعدادها، لا دعوى الإحاطة بما قد يظهر بعد ذلك من آثار.

وتبدأ أعماله القرآنيَّة بكتاب «أسرار التنزيل»، وفيه تفسير سورة الفاتحة والقسم الأكبر من سورة البقرة إلى الآية الخامسة والتسعين بعد المئة، مع تفسير آيات متفرِّقة من آل عمران والأنفال ويونس والحج وص. ويعتني فيه بتحرير المعنى من جهة اللغة والبلاغة، وتمحيص الرِّوايات، وربط الآيات بمقاصدها وأحكامها. ويضم «بلاغة القرآن» بحوثًا في إعجاز القرآن وفصاحته، والمحكم والمتشابه، والأمثال القرآنيَّة، ونقل معاني القرآن إلى اللغات الأخرى وترجمته، ومناهج التفسير، إلى جانب ردود على تأويلات وقراءات رأى فيها المؤلِّف مخالفةً لدلالة الآيات أو أصول التفسير.

ويجمع «محمد رسول الله وخاتم النبيين» طائفة من بحوثه في السِّيرة النَّبويَّة؛ فيتناول أحوال العرب قبل الإسلام، وبعثة النَّبي صلَّى الله عليه وسلَّم، وصبره وثباته، والهجرة، وسياسته ورفقه وشجاعته، ودلائل نبوَّته، وبلاغته وآداب دعوته، وهجرة الصَّحابة رضي الله عنهم إلى الحبشة، وإزالة الأصنام، وانتشار الدَّعوة في جزيرة العرب. وتدخل في هذا القسم أيضًا مقالات كتبها في المناسبات المتصلة بالمولد والهجرة والحجاز، وردود على بعض ما كُتب في شخصيَّة النَّبي صلَّى الله عليه وسلَّم وسيرته.

وتضم الموسوعة كتبًا في الشَّريعة والفكر الإسلامي، منها «الشريعة الإسلامية صالحة لكل زمان ومكان» و«دراسات في الشريعة الإسلامية» و«رسائل الإصلاح» و«الدعوة إلى الإصلاح» و«محاضرات إسلامية» و«هدى ونور». وتدور هذه الأعمال حول مقاصد الشَّريعة، والاجتهاد، وعلاقة الأحكام بأحوال المجتمع، وواجب الدَّعوة، وآدابها ووسائلها، والتعاون والإصلاح الاجتماعي، والتربية والأخلاق، ومسؤوليَّة العلماء وأولي الأمر، وما يتصل ببناء المجتمع على العقيدة والعمل.

ويفرد جانبًا من كتاباته لمناقشة الفرق والتيارات والأفكار التي عاصرها؛ ففي «القاديانية والبهائية» يعرض أصول هاتين الطائفتين ويناقش دعاواهما، كما تشتمل مقالاته الدِّينيَّة والفكريَّة على مناقشات لمسائل التصوُّف، والدِّين والفلسفة، والمعجزات، والإلحاد، ومذاهب الإصلاح، ومواقف بعض الكتَّاب من القرآن الكريم والشَّريعة.

وتحتل اللغة العربيَّة حيِّزًا كبيرًا من أعماله، ومن ذلك «دراسات في العربية وتاريخها» و«دراسات في اللغة» و«القياس في اللغة العربية»، وهو الكتاب الذي تقدَّم به لعضويَّة هيئة كبار العلماء. ويبحث في نشأة العربيَّة وأطوارها، ودلالة الألفاظ، والاشتقاق والقياس، والاستشهاد بالحديث في اللغة، وقدرة العربيَّة على مسايرة العلوم والحياة الحديثة، وقضايا النَّحو والصَّرف والفصحى والعاميَّة. وتشتمل هذه الكتابات كذلك على مناقشات لاقتراحات معاصريه في إصلاح النَّحو والمعاجم وطريقة دراسة اللغة.

ويمتد اهتمامه الأدبي إلى «الخيال في الشعر العربي ودراسات أدبية» وما كتبه في الخطابة والشِّعر والنَّقد، فيتناول الخيال وقيمته في الصياغة الشِّعريَّة، وأساليب البيان، ومكانة الأدب وعلاقته بالأخلاق والمجتمع. وتضم الموسوعة ديوانه «خواطر الحياة»، وفيه قصائد في الإسلاميات والوطنيَّات والإخوانيَّات والرِّثاء والوصف والتجارب الشخصيَّة، ومنها شعره في الغربة والأسفار والحبس وما اتصل بأحداث تونس ودمشق والقاهرة.

ويظهر الجانب النَّقدي في كتابيه «نقض كتاب في الشعر الجاهلي» و«نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم». ففي الأول يتعقَّب ما أورده طه حسين في قضايا الشِّعر الجاهلي وصلته بالقرآن والتاريخ واللغة، وفي الثاني يناقش علي عبد الرازق في تصوُّره للخلافة والحكم وعلاقة الإسلام بالسِّياسة. كما تضم أعماله ردودًا أخرى على مقالات وكتب في تفسير القرآن الكريم واللغة والسِّيرة والنَّحو، وكان يعتمد فيها على مناقشة النَّص الذي يرد عليه بندًا بعد بند، واستحضار الشَّواهد الدِّينيَّة واللغويَّة والتاريخيَّة.

وتجمع «تراجم الرجال» كتاباته في الأعلام، بما فيها تراجم لعلماء ومصلحين وأدباء وشخصيَّات تاريخيَّة، فيعرض نشأتهم وأعمالهم وآثارهم وما يتصل بمكانتهم العلميَّة. وترتبط بهذا الجانب كتب أخرى مثل «علماء الإسلام في الأندلس» و«تونس وجامع الزيتونة»، بما تضمَّنته من أخبار العلماء والمؤسَّسات العلميَّة والحياة الثقافيَّة في تونس والأندلس.

وتضم «الرَّحلات» ما دوَّنه عن أسفاره، ومنها رحلته الجزائريَّة، و«خلاصة الرحلة الشرقية» التي مرَّ فيها بمدن من مصر والشَّام والدَّولة العثمانيَّة، و«مشاهد برلين»، ورحلات لاحقة إلى سورية ولبنان. ويسجِّل فيها لقاءاته بالعلماء، وحضوره المجالس والدُّروس، وزياراته للمساجد والمدارس والمكتبات والمخطوطات، إلى جانب مشاهداته لأحوال المجتمعات التي نزل بها وما دار فيها من مناقشات علميَّة وأدبيَّة.

وتحفظ الموسوعة كذلك جانبًا واسعًا من إنتاجه الصحفي؛ فقد جُمعت فيها بحوث ومقالات نشرها في «السعادة العظمى» و«الهداية الإسلامية» و«نور الإسلام» و«لواء الإسلام» وغيرها، فتتجاور فيها المقالات القصيرة والدِّراسات المطوَّلة والخطب والمحاضرات والتعقيبات، وهو ما يفسِّر انتقال بعض الموضوعات نفسها بين أكثر من كتاب بحسب المجال الذي جُمعت فيه.

وتلحق بالأعمال نفسها مواد تتصل بسيرة الإمام وتراثه، فتضم تراجم ودراسات وشهادات كتبها معاصروه وباحثون بعده، وأبحاثًا عن مراحل حياته في تونس ودمشق والقاهرة، ونشاطه الإصلاحي والصحفي واللغوي، ومناقشاته الفكريَّة وشعره وتفسيره. وفي القسم الأخير تُثبت أعمال ندوات خُصِّصت له، ومنها بحوث ندوة نفطة في شخصيَّته وإصلاحه الدِّيني والاجتماعي ومساجلاته الفكريَّة، ثمَّ أخبار المعارض والوثائق والفعاليات التي أُقيمت في تلك الندوة.