يتتبّع القاضي أبو يعلى ابن الفراء في القسم الفقهي من كتابه «الروايتين والوجهين» المسائل التي اختلفت فيها الروايات عن الإمام أحمد بن حنبل، أو تعددت فيها أوجه فقهاء المذهب الحنبلي، فيبيّن مواضع الخلاف وأدلته، ويوازن بين الأقوال ويرجّح ما يراه أصحّ منها. ويعتمد في ذلك على النقول المروية عن الإمام أحمد بواسطة أصحابه وتلاميذه، مع الاستدلال بالقرآن الكريم والسنة النبوية وأقوال الصحابة رضي الله عنهم والتابعين، والاستعانة بالقياس والتعليل الفقهي. ويبدأ بكتاب الطهارة، فيبحث أحكام المياه وتغيّر أوصافها، والوضوء والغسل والتيمم، وما يترتب على اختلاف الأحوال من صحة الطهارة أو بطلانها. ثم يتناول مسائل الصلاة، ومنها المواقيت والأذان وصفة الصلاة، وقضاء الفوائت، والستر والنجاسات، وسجود السهو والتلاوة، وصلاة الجماعة والإمامة، وأحكام المسافر والمريض، والجمعة والعيدين والكسوف والاستسقاء، وحكم تارك الصلاة. ويبحث مسائل الجنائز المتعلقة بعيادة المريض وتغسيل الميت والصلاة عليه ودفنه وزيارة القبور. ثم ينتقل إلى الزكاة، فيناقش أحكام مانعها، وزكاة المواشي والزروع والثمار والنقود وعروض التجارة، وأثر الخلطة، ومصارف الزكاة وزكاة الفطر. ويتناول مسائل الصيام المتعلقة بالنية والمفطرات والقضاء والكفارات، ثم أحكام الحج من الإحرام والنيابة ومحظورات النسك والطواف والسعي والوقوف والمبيت والرمي والحلق والهدي وجزاء الصيد والفوات والإحصار.
ويبحث المؤلف في أبواب المعاملات المالية اختلاف الروايات والأوجه في أحكام البيوع والعقود، وما يتعلق بشروط البيع وخياراته والربا والسَّلَم وسائر التصرفات المالية. ويتناول مسائل الرهن والتفليس والحجر والصلح والحوالة والضمان، ثم أحكام الشركة والمضاربة والوكالة، وما ينشأ عنها من اختلاف في التصرفات والأرباح والمسؤوليات. ويُفصّل مسائل الإقرار والاستثناء منه، وأحكام الغصب وضمان الأموال والمنافع والتصرف في المغصوب، ثم ينتقل إلى الإجارة وشروطها وضمان الأجير وحقوق المتعاقدين. كما يناقش أحكام الوقف والعطايا، والشفعة وإحياء الموات، واللقطة وتعريفها وتملكها، والوصايا وما يتعلق بمقاديرها وشروطها وتزاحمها. ويتناول كذلك أحكام الوديعة وضمانها، وقسمة الفيء والغنائم، ثم مسائل الفرائض والمواريث، ومنها اختلاف الدين وأثره في التوارث، وميراث ذوي الأرحام والجدات، والإرث بالولاء، وموانع الإرث، وأحكام ميراث الخنثى ومن أسلم قبل قسمة التركة.
ويُخصّص المؤلف مباحث واسعة لأحكام النكاح وما يتصل به من شروط العقد والولاية والشهادة والكفاءة والصداق، والمحرمات في الزواج، والعيوب الموجبة للفسخ، والشروط التي يشترطها الزوجان. ثم يتناول الخلع والطلاق والرجعة والإيلاء والظهار واللعان، وما يتعلق بالقذف والعدد والاستبراء والرضاع والنفقات والحضانة. وينتقل إلى الجنايات، فيبحث القصاص والديات والعاقلة والقسامة وكفارة القتل، وأحكام الحدود والعقوبات، مع بيان اختلاف الروايات في شروطها وما يترتب عليها من ضمان أو سقوط. ثم يعالج مسائل السِّيَر، ومنها الغزو والغنائم والأمان والغلول والسبي والأراضي المفتوحة والجزية وأحكام أهل الذمة. ويتناول أحكام الصيد والذبائح والأطعمة والأضاحي، وما يحلّ منها وما يحرم، ثم مسائل الأيمان والنذور والكفارات، وما يترتب على انعقاد اليمين أو الحنث فيها. ويبحث آداب القضاء والشهادات والدعاوى والبينات، ومنها عدالة الشهود، والقضاء على الغائب، وشهادة النساء والصبيان، والشهادة على الشهادة، وتعارض البينات. ويتناول مسائل العتق والتدبير والمكاتبة وأحكام أم الولد، فيناقش شروط العتق وسريانه، والتصرف في المدبَّر والمكاتَب، وما يترتب على أداء مال الكتابة أو العجز عنه، وحقوق أم الولد وأحكامها.