أشار الإمام علم الدين السخاوي إلى منهجه في مقدمة تفسيره وذلك في قوله رحمه الله: “فالعلوم المتعلقة بالقرآن كثيرة لا تحصى، وأجلها ما يبحث فيه عن ألفاظه ومعانيه ويستقصى، والمصنفات فيه بين أمرين؛ طويلة لا تنضبط للآمل، وقصيرة لا يحصل منها ذو الأرب على طائل، فاستخرت الله تعالى في سلوك طريق متوسط، لا بالطويل الممل، ولا بالقصير المخل، ساعيًا في تهذيب الألفاظ وتحريرها، وإيجازها وتيسيرها، مشيرًا إلى عيون القصص بأحسن إشارة، متوخيًا في الإعراب والأقوال وغيرهما أوجز عبارة، وهو عمدة لمن اعتمد عليه، والله أسأل أن يجعله خالصًا لوجهه، موجبًا للفوز لديه، وهو حسبي ونعم الوكيل” ويمكن إجمال منهجه في تفسيره للقرآن العظيم في النقاط الآتية:

1- الاعتماد على التفسير بالمأثور (بالقرآن الكريم – والحديث النبوي الشريف – والأثر عن الصحابة والتابعين).

2- جمع الأقوال في تفسير الآية الواحدة والترجيح والاختيار منها.

3- الاعتناء بالقراءات عناية فائقة، وتوجيهها، وإسنادها إلى أصحابها أحيانًا.

4- التنبيه على المكي والمدني من السور.

5- ذكر أسباب النزول.

6- الاعتناء بالجانب اللغوي والنحوي؛ فكان يورد الأصل اللغوي للكلمات واشتقاقها واستعمالاتها، ويعتني بالقضايا النحوية، والإعرابية، ويناقشها، ويقوم بالاختيار والترجيح في بعضها، والمخالفة والاعتراض في البعض الآخر. وأورد على ذلك شواهد شعرية كثيرة وكان ينسب الكثير منها لأصحابها.

7- ذكر بعض المسائل الكلامية والأصولية والرد على معارضيه أو مخالفيه كالزمخشري وغيره في الآراء الاعتزالية، وفي بعض الأحيان كان يشتد إنكاره عليهم.

8- عرض المسائل الفقهية والكلامية والبلاغية بطريقة السؤال والجواب.

9- تعدد المصادر ونسبة الأقوال إلى أصحابها.

10- عدم إيراد الإسرائيليات إلا في مواضع قليلة مع التنبيه على ضعفها.