إنَّ كتاب “باهر البرهان في معاني مشكلات القرآن” جدير أن يحتل الصدارة بين المؤلفات التي صُنِّفت في مشكل القرآن، فهو معلمة ذو مكانة علمية كبيرة تتجلى فيما حواه الكتاب -بين دفتيه- من فوائد جليلة، ومعارف ثمينة قلما تتحصل في سواه. فمن تلك الفوائد والمزايا ما يأتي: 1- جمْعه للعلوم التي تفرقت في كتب التفسير والمعاني والمشكل، فحوى فوائد متنوعة من تفسير وحديث، وقراءات، ونحو وإعراب، ولغة وغريب، واشتقاق، وفقه وأحكام، ومنطق وآداب، وغير ذلك. 2- استشهاده بكثير من الأحاديث والآثار. 3- إعراضه عما لا فائدة في ذكره من الإسرائيليات والموضوعات، وغرائب القصص والأخبار، فلا يذكر شيئًا من ذلك إلا في معرض الرد عليه وتفنيده وبيان بطلانه، سوى مواضع يسيرة جدًّا ذكرها دون تعقيب. 4- عناية “محمود بن أبي الحسن النيسابوري” بالناحية الفقهية، حيث حفل كتابه بالمسائل الفقهية المختلف فيها. 5- وفرة الشواهد الشعرية في الكتاب. 6- اهتمامه بالناحية اللغوية فهو كثيرًا ما يُطنب في بيان المعنى اللغوي للكمة، فيعرج على اشتقاقها وتصريفها، وكذا إعرابها. 7- حفظه كثيرًا من النصوص اللغوية والنحوية والتفسيرية وغيرها لعلماء مؤلفاتهم التي أخذ عنها قد طوى الزمان صفحته عنها فأصبحت في عدد المفقود. 8- إيراده بعض القصص التاريخية النادرة للملوك والأشراف الماضين التي قد يكون هذا الكتاب المرجع الوحيد المتبقي لها كالأخبار التي ذكرها عن الأمير الماضي رحمه الله. 9- اهتمامه البالغ بالمسائل العقيدة، خاصة فيما يتعلق بعصمة الأنبياء صلوات الله وسلامه عليهم، حيث نجده دائم الذب عن جنابهم، وحماية حياضهم من أن تشوب سيرتهم -الطاهرة النقية- شائبة قدح أو انتقاص، أو يُلصَق بهم ما يتنافى مع عصمتهم، والمكانة العالية التي بوَّأهم الله إياها مقيمًا في سبيل ذلك الحجج والبراهين. 10- ما زان المؤلف به كتابه من ردود قيمة على بعض الملحدين، وأهل الأهواء والبدع، كالمعتزلة وغيرهم، إما نقلًا عن عالم متقدم، أو ابتداءً من تلقاء نفسه. 11- ما زخر به الكتاب من معارف ثمينة في مناحي متنوعة من فلك وهيئة وطب وهندسة، ونبات وحيوان، وجغرافيا وطبيعة.