طبقات خليفة بن خياط من أقدم ما وصل إلينا من كتب الطبقات، فمؤلفها معاصر لابن سعد الذي وصلتنا طبقاته ناقصة فيها سقط كثير. يحوي هذا الكتاب تراجم ما يقارب 3375 من الصحابة والتابعين وتابعيهم رجالًا ونساء، وقد تكررت تراجم بعضهم ولا سيما الصحابة. وقد بدأ المؤلف كتابه بالتحدث عن الرسول صلى الله عليه وسلم ثم أخذ يترجم للصحابة، حتى إذا تحدث عن الأمصار ترجم لصحابة كل مصر ثم لتابعيه. وأما الصحابيات فأفرد لهن بابًا خاصًّا في آخر الكتاب. ومنهج خليفة في هذا الكتاب يخالف منهج ابن سعد في طبقاته أحيانًا ويقاربه أحيانًا. فابن سعد بدأ كتابه بأن خصص المجلدين الأول والثاني في السيرة والشمائل، وجعل الثالث لتراجم أهل بدر ونقباء الأنصار، والرابع للحديث عن الطبقة الثانية من الصحابة، ثم الصحابة الذين أسلموا قبل فتح مكة، والخامس لتابعي المدينة ثم للصحابة والتابعين في مكة والطائف واليمن واليمامة والبحرين، والسادس للصحابة والتابعين من أهل الكوفة، والسابع للصحابة والتابعين في البصرة والشام ومصر وخراسان وبقية الأمصار الإسلامية، والثامن للنساء الصحابيات. أما خليفة فقد بدأ كتابه بترجمة الرسول صلى الله عليه وسلم فعمه العباس، فبقية الهاشميين، ثم أخذ يترجم للأمويين، ثم تناول سائر بطون قريش بطنًا بطنًا، ثم ألم بسائر القبائل المضرية فالعدنانية، وبعد ذلك بدأ بالصحابة من القبائل اليمانية. وهذا يعني أنه رتب الصحابة وقسمهم لا وفق سابقتهم ومنازلهم في الإسلام كما فعل ابن سعد، وإنما وفق أنسابهم وقرابتهم من رسول الله صلى الله عليه وسلم متبعًا الأسلوب الذي طبقه عمر بن الخطاب في الديوان، وكان يشير إلى منزلة كل من الصحابة في تراجمهم. وبعد أن أنهى تراجم الصحابة جميعًا عادًّا إياهم من أهل المدينة؛ لسكنى معظمهم فيها أو دخولهم إياها، شرع بعد ذلك بالحديث عن الأمصار فذكر أن معظم الصحابة تفرقوا بعد رسول الله صلى الله عليه وسلم. لذلك تحدث عن الصحابة في الأمصار على المنهج السالف، ثم تحدث عن التابعين وفق أنسابهم أيضًا. واستمر في منهجه الأول: التقسيم حسب القبائل والنسب لا حسب الرواية. ولم ينس خليفة حين يترجم للتابعي أن يذكر عمن روى من الصحابة. وبين ابن سعد وخليفة اختلاف في تعداد الطبقات، فطبقات أهل البصرة مثلًا عند ابن سعد ثمانِ طبقات، وعند خليفة اثنتا عشرة طبقة، وأهل الكوفة عند ابن سعد تسع طبقات، وعند خليفة إحدى عشرة طبقة، وأهل الشام عند ابن سعد ثماني طبقات، وعند خليفة ست.