ألَّف الشيخ عبد الرحمن بن يحيى المُعَلِّمي اليماني كتاب “تحقيق الكلام في المسائل الثلاث” جوابًا عن أسئلة وُجِّهت إليه حول رسالة “المسائل الثلاث” للشيخ أحمد السوركتي، فبيَّن رأيه في مؤلفها، ثم ناقش ما اشتملت عليه من قضايا الاجتهاد والتقليد، والسُّنَّة والبدعة، وبعض مسائل العقيدة. وقد اعتمد في بحثه عرض أقوال المختلفين وحُججهم، والموازنة بينها، والرجوع إلى الكتاب والسُّنَّة، مع تحرير معاني الأدلة القطعية والظنية، وبيان مراتب العلم، وما يلزم المجتهد والعامي في التعلُّم والسؤال والعمل بالدليل.
وتناول في باب السُّنَّة والبدعة حقيقةَ كلٍّ منهما، والفرق بين الوسائل والمقاصد، وحكم ما استُحدث في شؤون الدين، ثم ناقش مسائل البناء على القبور واتخاذ المساجد عليها، وزيارتها، والتبرك، والتوسل، والاحتفال بليلتي المولد والمعراج. أما القسم العقدي فبحث فيه علم الغيب، والرؤى والكهانة والتنجيم والكشف الصوفي، ودعوى تصرُّف بعض الأولياء في الكون، ثم تناول نداء الغائبين والموتى وطلب الحاجات منهم، وما يتصل بذلك من الاستغاثة والنذر والذبح والتمسح بالأضرحة، خاتمًا بالدعوة إلى ردّ هذه القضايا إلى هدي النبي صلى الله عليه وسلم وأصحابه.