قدَّم الإمام “نجم الدين الطوفي” في كتابه “الإشارات الإلهية إلى المباحث الأصولية” بمقدمة طويلة ومفيدة جدًّا، تكلم فيها عن منهجه في الكتاب، وعن الأصول (أصول الدين وأصول الفقه)، وعن السبب الذي ألَّف من أجله الكتاب. ومن أهم القضايا التي تناولها في تفسيره: استخراج قواعد أصول الدين والفقه من آيات القرآن الكريم. فكلما مرَّ بمسألة أصولية بيَّن من أي الأقسام هي: هل هي من مسائل الإيمان بالله تعالى، أم من مسائل الإيمان بملائكته أو كتبه أو رسله أو اليوم الآخر أو القدر خيره وشره؟ وإنْ كانت من مسائل أصول الفقه بيَّن أنها من مسائل الكتاب أو السنة أو الإجماع أو القياس أو غيرها. وركَّز معظم كتابه على قضيتين مهمتين: الأولى: قضية القدر، وهي من موضوع أصول الدين. والثانية: قضية العام والخاص، وهي من موضوع أصول الفقه. وقسَّم ذلك أربعة أقسام: – عام باقٍ على عمومه. – عام مخصوص. – خاص باقٍ على خصوصه. – خاص يُراد به العموم. ومن منهجه أنه كلما استوفى الكلام على مسألة من المسائل ثم تكررت هذه المسألة أحال بها على ما مضى، إلا أن يتضمن التكرار فائدةً زائدةً فيذكرها. وقد رتَّب “الطوفي” كتابه على ترتيب آيات القرآن الكريم، وقد بيَّن السبب في المقدمة، وهو: التبرك بترتيب القرآن الكريم، لأن ذلك أضبط وأجدر بالإتيان على جميع المطالب المذكورة من القرآن الكريم، ولأن ذلك أنشط للناظرين في الكتاب. وقد ختم المقدمة بقوله: “وإنْ كمل هذا التعليق إن شاء الله عز وجل رجوت أن يكون دستورًا نافعًا، ولجملة صالحة من المطالب النفيسة الجامعة”.